1. Обновил eclipse и java-jdk все распаковал в /opt/
2. удалил прежние символьные ссылки на eclipse и java
3. Изменил eclipse.ini, теперь от выглядит так:


-startup
plugins/org.eclipse.equinox.launcher_1.0.201.R35x_v20090715.jar
--launcher.library
plugins/org.eclipse.equinox.launcher.gtk.linux.x86_1.0.200.v20090520
-product
org.eclipse.epp.package.php.product
-showsplash
org.eclipse.platform
--launcher.XXMaxPermSize
512m
-vmargs
-Dosgi.requiredJavaVersion=1.6
-XX:MaxPermSize=512m
-Xms256m
-Xmx1024m
-XX:+UnlockExperimentalVMOptions
-XX:+UseG1GC
-XX:+UseParallelGC -XX:+AggressiveOpts